El sistema inmune debería de proteger al cuerpo de las agresiones externas, como viruses, bacterias, hongos, etc. y las amenazas internas, como células cancerosas y toxinas. Es un sistema altamente complejo que involucra a varios órganos del cuerpo. Por ejemplo, la médula ósea produce células blancas, los soldados del sistema, pero también se encuentran en otros órganos como el bazo y el sistema linfático. Otros órganos también contribuyen al sistema de defensas del cuerpo, como por ejemplo el timo que es uno de los reguladores de éstas células de defensa. Las células blancas viajan por el torrente sanguíneo buscando patógenos y destruyéndolos. Es muy importante en su correcta función que distingan entre los patógenos y las células sanas del propio cuerpo.
Un sistema inmune enfermo no tiene esta función vital de reconocer lo que es parte del cuerpo y lo que no lo es. Sinembargo, no es todo el sistema, ni todo el tiempo. Hay ciertos factores “detonadores” en el cuerpo o el ambiente que provocan una reacción muy fuerte del sistema, en la cuál se “confunde” y comienza a atacar a los órganos propios del cuerpo. No se sabe porque ciertos sistemas inmunes de ciertas personas tienen esta información confusa o errónea. La mayoría de las enfermedades autoinmunes tienen un blanco predilecto, una zona u organo que atacan siempre, como la artritis atacará siempre las articulaciones mientras que la enfermedad de Graves atacará a la tiroides, el asma los bronquios, el eczema la piel, etc. El lupus es la más insidiosa y dificil de estas enfermedades, ya que la confusión inmunológica es total, y puede atacar cualquier órgano o sistema en cualquier momento. Por lo mismo es la de más difícil diagnóstico y control.